Recetemente tive problemas ao tentar utilizar o JQuery no meu site pessoal. Inclui a referência do js do JQuery no .aspx, na master Page e nada de funcionar, depois de alguns testes notei a propriedade Path dentro de ScriptReference…. e taí, funcionou!!!…

      Ou seja, para funcionar corretamente, inclua o ScriptManager na sua página, na Tag Script, inclua no ScriptReference o local onde está localizado o js.

   1: <asp:ScriptManager runat="server" ID="ScriptMananger1"> 
   2:  
   3: <Scripts> 
   4:  
   5:            <asp:ScriptReference Path="js/jquery/jquery-1.3.2.js" /> 
   6:  
   7: </Scripts> 
   8:  
   9: </asp:ScriptManager>

Espero ter ajudado.

Minato 8-)